Efter terrorangrebet på World Trade Center i New York, den 11. september 2001, iværksatte USA militæraktioner mod Afghanistan. Danmark og resten af NATO-landene fulgte trop. Mange internationale missioner i årene efter, har båret præg af dette.

Omstillingen til internationale missioner

Erfaringerne fra de første fem år med skarpe internationale missioner blev analyseret grundigt af en forsvarskommission 1997-98 med tidl. finansminister Knud Heinesen som formand og 27 medlemmer. Det førte i det følgende forsvarsforlig til forskydning af vægten fra territorialforsvar til krisestyring og prioritering af reaktionsstyrker. 
”Kapaciteten til internationale operationer styrkes. Materielinvesteringerne øges, og større mobilitet prioriteres,” hed det i forligsteksten. 
”(En) mindre krigsstyrke medfører, at der er behov for færre værnepligtige. Det medfører behov for en mindre støttestruktur, hvorfor der gennemføres betydelige strukturelle rationaliseringer og tilpasninger i forsvaret.” 
Budgettet for forliget, der blev indgået et halvt år efter afslutningen på kommissionens arbejde, var på 1,5 pct. af bruttonationalproduktet (BNP). Besparelserne faldt på alle værn og det værnsfælles område. Mobiliseringsstyrken blev sænket med yderligere 12.000 soldater til 46.000. Antallet af fastansatte i forsvaret blev reduceret med 3.600. Til gengæld forbedredes bidraget til NATO’s reaktionsstyrker med bl.a. en styrkelse af Den danske Internationale Brigade (DIB).
Det falder godt i tråd med voldsomme internationale begivenheder i perioden. Den 11. september 2001 udslettede islamistiske terrorister World Trade Center i New York (’nine-eleven’-dagen) med flere tusinde dræbte til følge, og USA iværksatte kort efter militæraktioner mod Afghanistan, der var værtsland for al-Qaeda-organisationen.

I skyggen af d.11 september

Danmark bakkede i lighed med de øvrige NATO-lande ubetinget op bag USA, og de første danske styrkebidrag ankom til Afghanistan i 2002. Frem til udgangen af 2014 blev over 10.000 danske soldater sendt til landet for at indgå i International Security Assistance Force (ISAF). Frem til juni 2021 var danske militærpersoner konstant til stede i Afghanistan. 44 danske soldater blev dræbt i landet – især som følge af meget hårde kampe i Helmand-provinsen. Alt i alt havde Danmark indsat det højeste antal soldater og havde de højeste tabstal målt pr. indbygger sammenlignet med de andre troppebidragende lande.

Danmark deltog også i den amerikansk ledede krig mod Saddam Husseins Irak, der indledtes den 20. marts 2003. Det skete – atypisk i Danmark for den slags beslutninger – med et snævert folketingsflertal bestående af VK-regeringspartiernes og Dansk Folkepartis stemmer, men mod bl.a. Socialdemokratiet. Dermed havde Anders Fogh Rasmussens regering lagt den ultimative distance til tidligere tiders forsigtige, FN-orienterede linje: Danmark var deltager i en unilateral aktion (’coalition of the willing’, som USA’s præsident George W. Bush udtrykte det), uden for NATO, uden FN-mandat og uden for Europa.
Korvetten ’Olfert Fischer’ og ubåden ’Sælen’ blev indsat, og efter at Bagdad var erobret bidrog Danmark med en sikringsstyrke. Det danske bidrag nåede i 2005 op på ca. 550 soldater under en britisk ledet task force, hvis ansvarsområde var det sydlige Irak med bl.a. storbyen Basra. Otte var faldet, inden de danske tropper blev trukket hjem i 2007. Siden har danske enheder deltaget i adskillige FN-missioner i Irak og Kuwait. 

Ledelsen i perioden

Forsvarsministre: Jan Trøjborg (S, 2000-01), Svend Aage Jensby (V, 2001-04) og Søren Gade (V, 2004-10).
Forsvarschefer: General Christian Hvidt (1996-2002) og general (Hæren) Hans Jesper Helsø (2002-2008). 

Gallup-undersøgelse om befolkningens støtte til NATO: 

                 Ja           Nej           Ved ikke 
2000          81            10                9