Selv om man nu regnede med en lang varslingstid, før en mulig trussel mod dansk territorium kunne opstå, var det stadig mobiliseringsforsvaret, der stod i centrum.

Sikkerhedspolitisk opbrud: Forsvarsforliget 1989-92

Som led i dannelsen af KVR-regeringen i 1988 blev der på radikalt ønske nedsat en forsvarskommission, der arbejdede 1988-89 samt senere et udvalg, der skulle konkludere på udvalgets betænkning. Formand var departementschef Michael Christiansen, Forsvarsministeriet. 
Når det blev nødvendigt at nedsætte et efterfølgende udvalg, var det fordi den europæiske sikkerhedspolitiske orden var i fuldt opbrud, mens kommissionen arbejdede, så det var vanskeligt at konkludere noget. Berlinmuren faldt, opbruddet i Østeuropa tog fart, Tyskland blev genforenet i 1990, Warszawa-pagten opløste sig selv i 1991, og Sovjetunionen gik i opløsning. Alt tegnede til en unipolær verden med USA som eneste supermagt i generationer frem. 
I 1989 blev et toårigt forsvarsforlig indgået – denne gang igen med radikal deltagelse. Ved udløbet blev det forlænget med et år. Forsvarsbudgettets andel af BNP i perioden var 2,0 pct.
Udviklingslinjerne fra de seneste forlig blev fortsat med nedlæggelser eller indskrænkninger af kaserner samt flyve- og flådestationer. Dog blev antallet af indkaldte værnepligtige sat op. Det blev finansieret ved at reducere lønnen i de første fire måneder under indkaldelsen.

Selv om man nu regnede med en lang varslingstid, før en mulig trussel mod dansk territorium kunne opstå, var det stadig mobiliseringsforsvaret, der stod i centrum. Udvalget anbefalede imidlertid også – som fremtidig opgave – ’forøget vægt på alliancens kollektive konfliktforebyggelse og krisestyring samt de heraf afledte krav om multinationalt samarbejde og demonstration af solidaritet m.v. ’  
Efter at Irak i august 1990 havde besat Kuwait efter et uvarslet overfald, deltog Danmark i missionen, der skulle overvåge overholdelsen af FN’s sanktioner mod Saddam Husseins regime, gennem udsendelse af korvetten ’Olfert Fischer’. Det var første gang siden kolonitiden, at et dansk krigsskib var i aktion uden for Europa.

I 1991 udbrød de første af en række borgerkrige i forbundsstaten Jugoslavien, der var gået i opløsning. Danmark deltog fra februar 1992 med en infanteribataljon i FN-styrken UNPROFOR, der lagde sig imellem de krigsførende parter i Kroatien, og fra oktober 1992 desuden i FN’s humanitære mission i Bosnien-Hercegovina. 
De tætte historiske bånd til de genopståede baltiske stater blev genetableret, da udenrigsminister Uffe Ellemann-Jensen (V) på regeringens vegne den 24. august 1991 anerkendte Estland, Letland og Litauen diplomatisk som det kun andet land i verden. Det skete, selv om sovjetiske styrker stadig stod i landene. Danmark bidrog ikke mindst til opbygningen af Litauens forsvar i form af materieldonationer og træning udført af især Hjemmeværnet. 

Den bosniske krig: Forsvarsforliget 1993-95

Udviklingsretningen besegledes med forsvarsforliget for 1993-95 og en forsvarslov, der bl.a. oprettede Den Internationale Brigade (DIB) som en enhed, der uden geografiske begrænsninger skulle kunne deltage i konfliktforebyggende, fredsbevarende og fredsskabende opgaver. DIB var en panserinfanteribrigade, hvis grundstruktur udsprang af 2. Sjællandske Brigade, der samtidig blev nedlagt. DIB bestod af en blanding af professionelle soldater og hjemsendte værnepligtige på beredskabskontrakter. Forsvarsbudgettets andel af BNP faldt i perioden til 1,8 pct.
I en étårig periode 1993/94 fik DIB’ens hidtidige chef, brigadegeneral Finn Særmark-Thomsen, posten som den første chef for FN’s fredsbevarende styrke i Makedonien. Det lykkedes at forhindre et etnisk begrundet krigsudbrud i Serbiens sydlige naboland, og det er af mange blevet betegnet som den største succes for FN’s fredsbevarende styrker nogensinde. Men generelt blev egentlig krig i denne periode en del af dagligdagen for udsendte på internationale opgaver. Med baggrund i Danmarks traditionelle tilbageholdenhed med at involvere sig i hård, militær magtanvendelse erhvervede forsvarschef Jørgen Lyng sig historisk ry ved at tage initiativ til at sende en kampvognseskadron til Bosnien. Det var et led i den gradvise omdannelse af UNPROFOR fra en traditionel fredsbevarende FN-styrke til en fredsskabende styrke med et såkaldt ’robust mandat’. Det resulterede i, at Leopard 1-kampvognene i den såkaldte ’Operation Bøllebank’ kom under beskydning fra en bosnisk-serbisk stilling, åbnede ild og ødelagde stillingen. Det skete den 29. april 1994 og var første gang efter Anden Verdenskrig, at danske styrker var involveret i en krigerisk træfning.

I august/september 1995 samarbejdede UNPROFOR, bl.a. de danske enheder, med NATO-fly under forsvarsalliancens luftoffensiv Operation Deliberate Force med deltagelse af ca. 400 fly. Den blev gennemført mod bosnisk-serbiske mål som reaktion på bosnisk-serbiske styrkers massakrer i bl.a. Srebrenica og terroristisk beskydning af civilbefolkningen. Luftangrebene førte til afslutningen på krigen i Bosnien-Hercegovina med Dayton-fredsaftalen den 14. december 1995.
I samme periode indgik den israelske premierminister Yitzhak Rabin og Yasser Arafat, lederen af den Palæstinensiske Befrielsesorganisation (PLO) i 1993 Oslo-aftalen, og i 1994 sluttede Israel fred med Jordan.

Ledelsen i perioden

Forsvarsminister: Knud Enggaard (V, 1988-93), Hans Hækkerup (S, 1993-2000).
Forsvarschefer: Admiral Sven Egil Thiede (1985-89) og general (Hæren) Jørgen Lyng (1989-96)

Gallup-undersøgelse om befolkningens støtte til NATO:

Den væsentlig højere andel af ‘ja’-sigere end ved tidligere undersøgelser, skyldes sandsynligvis ændringer i spørgeteknikken.