Danmarks nederlag d.9 april 1940 og de fem følgende års besættelse kom til at præge hele årtiet. Samarbejdspolitikken muliggjorde at hæren og søværnet under besættelsens første år kunne opretholde sit daglige virke, men i august 1943 brød samarbejdspolitikken sammen, og begge værn blev opløst.
Danmark blev allerede ved befrielsen trukket ind i den konflikt, som skulle udvikle sig til den kolde krig. Væsentligst for Danmark var underskrivelsen af Atlantpagten, og det deraf følgende medlemskab af NATO. Danmark havde forkastet mellemkrigstiden neutralitet og valgt side i den kolde krig. Slagordet var ”aldrig mere en 9. april”. Man stod derfor overfor en stor opgave med at genopbygge og modernisere forsvaret, og var dybt afhængig af våbenhjælp fra bl.a. USA og Storbritannien. Opbygningen gik langsomt men også nye værn kom til. Frygten for et overfald eller kupforsøg ledte til at Hjemmeværnet blev oprettet i 1949, og i 1950 blev Flyvevåbnet udskilt som selvstændigt værn.
I samme tidsperiode engagerede Danmark sig også internationalt. I 1947 sendte man 4000 soldater til Tyskland som en del af den allierede besættelseshær. Og i 1948 bidrog Danmark til sin første FN-mission, der skulle overvåge våbenhvilen efter den arabisk-israelske krig maj-juni 1948.