Murens fald i 1989 blev begyndelsen på en grundlæggende omstilling af Forsvaret. For første gang i Danmarkshistorien, var der ingen nære fjender at forsvare sig imod. Det betød dog ikke at man hvilede på laurbærrene, snarere tværtimod. I 1990-1991 blev det besluttet at sende korvetten Olfert Fischer til den persiske golf, som en del af den FN-ledede styrke mod Iraks invasion af Kuwait. Fra 1992 bidrog Danmark også til FN’s fredsbevarende mission i det tidligere Jugoslavien. Særligt skelsættende er begivenhederne d.29 april 1994, hvor danske Leopard-kampvogne kommer i ildkamp med serbiske styrker ved Tuzla i Bosnien. Det var første gang danske soldater var indsat i en skarp konflikt siden 2. verdenskrig.

På hjemmefronten var der forsat tale om et mobiliseringsforsvar, som kunne stille med et betydeligt antal soldater. Men det nationale forsvar blev gradvist nedtrappet og nedprioriteret i løbet af 1990’erne. Ved årsskiftet 1990/1991 blev de to landsdelskommandoer nedlagt, og Hærens Operative Kommando oprettet som erstatning. Også i Søværnet prioriterede man enheder som kunne sendes på internationale missioner, og ved årtiets slutning nedlagdes f.eks. torpedobådsvæsenet.