2000’erne skulle blive en radikal omvæltning for det danske forsvar. Terrorangrebet d. 11 september 2001 ændrede fra den ene dag til den anden trusselsbilledet, og blev startskuddet på ’krigen mod terror’. Danmark bidrog allerede fra januar 2002 med specialoperationsstyrker til den amerikansk-ledede krig i Afghanistan, og i 2006 sendte man danske kampsoldater til Helmand-provinsen. I 2003 deltog Danmark også, efter heftig hjemlig politisk debat, i den amerikanske invasion af Saddam Husseins Irak.
Krigene i Irak og Afghanistan var en helt ny form for opgave for Forsvaret, og det krævede mange ressourcer at opretholde de internationale opgaver. Årtiet blev derfor også et definitivt farvel til mobiliserings- og territorialforsvaret. Nu skulle der fokuseres på de professionelle soldater på internationale missioner og opgaver. Med forsvarsforliget i 2004 nedlagdes ubådsvæsenet, minelæggerne og det jordbaserede luftforsvar. Hæren blev reduceret til to brigader, og værnepligten nedsat til 4 måneder.