I begyndelsen af årtiet stod det klart at den taktiske og teknologiske udvikling havde overhalet den fodmarcherende hær forældet, og hvor sårbar en sådan hær ville være overfor angreb med taktiske atomvåben. Hæren fik derfor nyt doktrin: “bevægelig forsvarskamp”. Den motoriserede panserinfanteribrigade skulle være hærens primære enhed, og der blev lagt vægt på spredning, mobilitet og pansring. De to fregatter af Peder Skram-klassen indgik i Søværnet 1966, og var flådens flagskibe resten af den kolde krig.

Samarbejdet med Vesttyskland og NATO blev yderligere stadfæstet i 1960’erne. Anledningen var etableringen af Enhedskommandoen – Allied Forces Baltic Approaches (BALTAP) – på Flyvestation Karup i 1961. BALTAP fik det samlede ansvar for forsvaret af Danmark og Slesvig-Holsten. Kommandoen, der altid havde en dansk generalløjtnant eller viceadmiral som chef, bestod af styrker fra Danmark, Vesttyskland, Storbritannien og USA.

1960’erne blev dog også årtiet, hvor Forsvaret i stigende grad blev genstand for politisk uvejr. Den Kolde Krigs politiske klima, og det amerikanske engagement i Vietnam, blev genstand for stadig mere hidsig debat i offentligheden. Også spørgsmålet om atomvåben var på dagsordenen. Cubakrisen i 1962 og Thule-ulykken i 1968 satte sine spor, og der var en udbredt atom-skepsis i befolkningen. I midten af årtiet bortfaldt den sidste amerikanske våbenhjælp. Forsvarsbudgettet steg dog ikke, og konsekvensen blev besparelser på en række områder. Særligt tjenestetid og genindkaldelser for de værnepligtige blev reduceret.